Một nguồn quỹ khác là quỹ Chăm sóc sức khỏe ban đầu cho HS cũng được cơ quan BHYT trích lại 10,8% để chi lương và các khoản đóng góp theo lương cho nhân viên y tế, khám sức khỏe định kỳ cho HS… Cuối năm, nếu sử dụng không hết thì kinh phí còn dư được chuyển sang năm học sau. Nhưng bà Kha Lệ Thanh - Hiệu trưởng nhà trường, đã dùng nguồn tiền này để mua máy in, trả tiền đổ rác, bồi dưỡng tiếp đoàn kiểm tra y tế, ủng hộ thiên tai… Chỉ trong năm học 2012-2013 trường đã chi sai quy định từ quỹ Chăm sóc sức khỏe ban đầu lên đến hơn 36 triệu đồng.
Theo kết luận thanh tra, Trường THCS Lam Sơn, Q.6 có nhiều sai phạm tài chính
Kiểm tra việc thu-nộp của trường, đoàn thanh tra phát hiện, cho đến đầu năm 2012, quỹ BHYT tồn lên đến 477 triệu đồng. Bà Thanh lý giải: do qua nhiều năm trường sử dụng không hết nguồn kinh phí được cấp. Nhưng đối chiếu sổ sách từ năm học 2007-2008 đến năm học 2011-2012, đoàn thanh tra phát hiện, trường chưa hoàn trả hết tiền thu thừa của HS. Chẳng hạn năm học 2010-2011, trường thu BHYT từ HS hơn 513 triệu đồng nhưng chỉ nộp cho BHXH 403 triệu đồng, còn dư lại 110 triệu; thu bảo hiểm tai nạn 45 triệu nhưng nộp cho công ty bảo hiểm 34 triệu. Kế toán nhà trường đã không giải thích được lý do (?).
Ngoài các khoản BHXH, nha học đường, có thể kể ra hàng loạt các khoản mà "nhóm lợi ích" đã “đục khoét” hoặc từ ngân sách, hoặc từ nguồn tiền đáng ra thuộc về tập thể GV. Theo quy định, hiệu trưởng phải dạy hai tiết/tuần, hiệu phó phải dạy bốn tiết/tuần, mới được hưởng trợ cấp ưu đãi. Thế nhưng trong hai năm 2012 và 2013, cả ba vị hiệu trưởng, hiệu phó không hề đứng lớp một tiết nào mà vẫn lập hồ sơ để hưởng trợ cấp ưu đãi với tổng số tiền lên đến 130 triệu đồng từ ngân sách. Trường có quy mô gần 2.000 HS nhưng bà Kha Lệ Thanh đã cho một đối tác vào dạy ngoại ngữ trong giờ học chính quy để bà và “nhóm lợi ích” hưởng trọn một khoản tiền khổng lồ do đối tác trích lại trong bảy tháng (hơn 1,4 tỷ đồng). Ngoài ra, trong hai năm 2012 và 2013, bà Thanh còn chi vượt quy định cho mình và nhóm của mình từ các nguồn học phí buổi hai, học phí vi tính, tổ chức phục vụ bán trú với số tiền lên đến 653 triệu đồng.
Trường khai mua các mặt hàng như đường muối, bột ngọt, bột nêm, nước tương, nước mắm, dầu ăn… tại sạp 15, chợ Bình Tây, nhưng kiểm tra thực tế, đoàn thanh tra nhận thấy, sạp này chuyên kinh doanh các mặt hàng bánh kẹo chứ không bày bán các mặt hàng khác(!). “Việc mua qua trung gian khiến giá cả bị nâng lên” - theo kết luận thanh tra. Các mặt hàng khác như dầu ăn, tôm khô, lạp xưởng, cá… “trên hóa đơn cũng không ghi rõ xuất xứ, quy cách các thực phẩm, dẫn đến việc có ý kiến phản ánh về giá thực phẩm trường mua cao hơn giá thị trường” - thanh tra kết luận.