Hiện nhiều bệnh viện tại TP.HCM chưa được Bảo hiểm xã hội thanh toán tiền thuốc. Số thuốc này đã sử dụng năm 2016 sau khi đấu thầu riêng lẻ dưới hình thức đấu thầu rộng rãi hoặc áp thầu.

TP.HCM vẫn chưa được thanh toán một số loại thuốc đấu thầu tập trung năm 2015 tại Sở Y tế và đấu thầu riêng lẻ năm 2016 ở các bệnh viện trên địa bàn thành phố vì một số thuốc có giá cao hơn các nơi khác.